Em 1975, Naked Snake, também conhecido como "Big Boss" foi encarregado de se infiltrar em um local em solo cubano. Em uma missão para resgatar aliados presos a muito tempo como reféns por um grupo militar desconhecido. Snake deve usar toda a sua experiência de operações táticas e de "Stealth" para entender a verdade por trás da missão e dos motivos complexos do todo poderoso "Patriots" de criar uma guerra econômica global.